เปาโล มัลดีนี เล่นให้กับเอซีมิลานครั้งแรกในปี ค.ศ. 1985 ในนัดแรกพบกับ อูดิเนเซ่ และช่วงที่เล่นให้กับ เอซี มิลาน ประสบความสำเร็จมามากมายในการค้าแข้งในระดับสโมสร ตั้งแต่ช่วยให้ทีมได้แชมป์ กัลโช่ เซเรียอา 7 สมัย ได้แชมป์ ยูฟ่า แชมเปียนส์ลีก 5 สมัยจากการเข้าชิงทั้งหมด 7 ครั้ง ในรอบ 18 ปี

ในวันที่ 25 กันยายน 2005 มัลดีนีทำลายสถิติผู้เล่นที่เล่นในเซเรียอามากที่สุดแซงสถิติเก่าของ ดีโน่ ซอฟ ที่ทำไว้ 571 นัด ในนัดที่พบกับเตวิโซ่ในเดือนพฤศจิกายน ปี 2005 เปาโล มัลดีนี ทำลายสถิติ 2 อย่างในปีเดียวกันคือ ทำสถิติยิงเร็วที่สุดใน ยูฟ่า แชมเปียนส์ลีก ในนัดชิงชนะเลิศที่พบกับลิเวอร์พูล โดยยิงประตูได้ในช่วง 51 วินาทีแรกของการแข่งขัน อย่างที่สองคือเป็นผู้เล่นที่อายุมากที่สุดที่ทำประตูได้ในยูฟ่า แชมเปียนส์ลีก ในเดือนพฤศจิกายน ปี 2005 มัลดีนีประกาศว่าจะเลิกเล่นบอลอาชีพเมื่อหมดฤดูกาล 2006-2007 แต่อย่างไรก็ตามสัญญาของเค้าจะหมดลงในปี 2008 และเบอร์ 3 ก็อาจจะยกเลิกตามไปด้วยเพื่อเป็นเกียรติแก่มัลดีนี แต่ยังไงก็ตามเบอร์ 3 นี้อาจจะได้ใช้อีกครั้งในอนาคตซึ่งคงจะเป็นลูกชายของเค้า คริสเตียน ที่มีอายุเพิ่งจะ 11 ปีซึ่งเล่นให้กับสโมสร เอซี มิลาน ระดับเยาวชน

ในวันที่ 24 พฤษภาคม ค.ศ. 2007 มัลดีนีช่วยพา มิลาน คว้าแชมป์ ยูฟ่า แชมเปียนส์ลีก เป็นสมัยที่ 7 ของสโมสรได้สำเร็จโดยเอาชนะลิเวอร์พูล 2-1